Zakład Pedagogiki Specjalnej powstał w 2002 roku. Od początku istnienia pracownicy Zakładu prowadzili zajęcia ze studentami Wydziału Pedagogiki i Psychologii z przedmiotu pedagogika specjalna i pokrewnych. Zakład przejął również opiekę naukowo-dydaktyczną nad dwiema specjalnościami prowadzonymi w tym czasie na kierunku pedagogika: edukacja specjalna i logopedia. Pierwszym kierownikiem Zakładu był prof. dr hab. Jan Pańczyk.

W 2002 roku na stanowisko adiunkta została zatrudniona dr Aleksandra Zawiślak. Wkrótce stan kadrowy Zakładu powiększył się - w 2003 roku kolejnym adiunktem została dr Małgorzata Karwowska. Wsparcie naukowe w Zakładzie zyskali także doktoranci.

Od nowego roku akademickiego 2004/2005 obowiązki kierownika przejął prof. dr hab. Stanisław Kowalik, pełnił je do 2007 roku. W tym okresie Zakład Pedagogiki Specjalnej wzbogacił się o nową specjalność prowadzoną na kierunku pedagogika: doradztwo rehabilitacyjne. Kolejną przyjętą osobą do Zakładu była dr Zofia Dysarz, specjalista w zakresie logopedii. W 2006 roku, gdy utworzono na Uniwersytecie stacjonarne studia trzeciego stopnia z pedagogiki, w Zakładzie zajęcia dydaktyczne zaczęli prowadzić doktoranci: mgr Agnieszka Hamerlińska-Latecka (neurologopeda, psycholog); mgr Grzegorz Brzuzy (pedagog specjalny). Oboje uzyskali tytuł doktora nauk humanistycznych w zakresie pedagogiki w 2011 roku.

Od 2007 roku kierownictwo nad Zakładem sprawowała dr Małgorzata Karwowska. W 2007 roku grono doktorantów powiększyli: mgr Katarzyna Banaszkiewicz i mgr Anna Bojar (pedagodzy o specjalności doradztwo rehabilitacyjne). W 2010 roku zespół uzupełniła mgr Agnieszka Haska (logopeda). W 2009 roku na stanowisko adiunkta została przyjęta dr Ewa Binkuńska, logopeda, językoznawca.

Od 2009 do 2017 roku Zakład współpracował z Fundacją Akademickie Centrum Pomocy Logopedycznej założoną przez mgr Agnieszkę Haska. W 2011 roku, z inicjatywy dr Ewy Binkuńskiej, został utworzony Kujawsko-Pomorski Oddział Polskiego Towarzystwa Logopedycznego w Bydgoszczy. 

Od roku akademickiego 2011/2012 adiunktem Zakładu została dr Agnieszka Hamerlińska-Latecka, neurologopeda, psycholog.

W kwietniu 2012 tytuł doktora habilitowanego uzyskała Aleksandra Zawiślak, która we wrześniu 2012 r. została powołana na kierownika Zakładu Pedagogiki Specjalnej. Z głębokim żalem przyjęliśmy informację o jej śmierci 25 października 2012 roku. 

W grudniu 2012 roku, zgodnie z decyzją JM Rektora, powołano Pracownię Logopedyczną. Kierownikiem Pracowni została dr Agnieszka Hamerlińska-Latecka

Od 1 marca 2013 r. funkcję kierownika Zakładu Pedagogiki Specjalnej pełniła dr Ewa Binkuńska. Od 1 października 2014 do listopada 2019 roku kierownikiem Zakładu została dr hab. Dorota Podgórska-Jachnik, prof. nadzw. W  latach 2017-2019 zespół tworzyli: dr Agnieszka Kamyk-Wawryszuk, dr Maria Faściszewska, dr Helena Liwo, dr Joanna Jatkowska, dr Beata Skotnicka, dr Maciej Jabłoński, dr Magdalena Harmacińska-Kowalewska.

W 2019 roku Zakład został przekształcony w Katedrę Pedagogiki Specjalnej i Logopedii, obowiązki kierownika zostały powierzone dr Agnieszce Kamyk-Wawryszuk. W  latach 2019-2012 zespół tworzyli:dr Joanna Jatkowska, dr Magdalena Harmacińska-Kowalewska, dr Magdalena Zając, dr Marta Zawichrowska, dr Maciej Jabłoński. Do zespołu dołączyła także dr hab. Teresa Sołtysiak, prof. uczelni.

Od 1 października 2022 r. obowiązki kierownika zostały powierzone dr. Maciejowi Jabłońskiemu. Od 1 października 2022 r. obowiązki kierownika zostały powierzone dr. Maciejowi Jabłońskiemu. Obecnie w Katedrze są zatrudnieni: dr hab. Dorota Podgórska-Jachnik, prof. uczelni, dr Agnieszka Kamyk-Wawryszuk, dr Magdalena Harmacińska-Kowalewska, dr Joanna Jatkowska, dr Magdalena Zając oraz dr Marta Zawichrowska.